Identifikace a kvantifikace genů zodpovědných za produkci biogenních aminů u vybraných bakterií

Abstract

Předkládaná diplomová práce se zabývá zavedením a optimalizací metody Real time-PCR pro detekci a kvantifikaci genu adiA. Tento gen kóduje arginindekarboxylasu, enzym, který je zapojen v metabolické dráze produkce putrescinu u gramnegativních bakterií. Putrescin je jeden z biogenních aminů; je to látka v potravinách nežádoucí, protože její výskyt je spojován s kažením potravin. V rámci diplomové práce byly speciálně pro Real time-PCR navrženy specifické sady primerů, které slouží k ohraničení úseku DNA (v genu adiA), který má být sledován a dále amplifikován. Bylo potvrzeno, že vybraná/použitá sada primerů je opravdu specifická a reakce probíhají s optimální účinností (90 110 %). V průběhu práce byla sledována genová exprese genu adiA, metodou relativní kvantifikace (dle Pfaffla), u Escherichia coli CCM 3954 v závislosti na časových podmínkách kultivace. Nejvyšší exprese (R=  2000) genu adiA bylo dosaženo po 12 hodinách kultivace této bakterie v kultivačním médiu s přídavkem L-argininu. Toto zjištění potvrzuje fakt, že gen adiA je opravdu genem inducibilním.